Tussen 1853 en 1861 werd het Oranjekanaal gegraven om de veengebieden van Zuidoost-Drenthe bereikbaar te maken voor het vervoer van turf. Toen het kanaal de oude zandweg tussen Rolde en Coevorden naderde, trokken op 6 februari 1854 ongeveer dertig kanaalgravers uit Smilde naar het afgelegen Ellertsveld. Hier ontstond een nieuwe nederzetting: Schoonoord, een naam die volgens overlevering door één van de arbeiders werd bedacht.

Aanvankelijk bestond het dorp vooral uit plaggenhutten; later volgden stenen huizen en boerderijen. In 1856 werd geld ingezameld voor een school en kerk, omdat er inmiddels meer dan honderd kinderen woonden "die zonder iets te leeren, ruw en verwilderd opgroeiden”.

Een houten barak deed eerst dienst als kerkschool. In 1861 verklaarde koning Willem III Schoonoord tot zelfstandige kerkelijke gemeente en schonk 800 gulden. Meestertimmerman G.J. Boswinkel ontwierp de huidige sobere neoklassieke Waterstaatskerk, in 1866 in gebruik genomen, aanvankelijk zonder orgel. Pas in 1987 werd een gebruikt orgel geplaatst.

In 1950 werd de kerk verbouwd en later werd de toren naar achteren verplaatst. Door teruglopend kerkbezoek en hoge onderhoudskosten werd het gebouw in 2019 buiten gebruik gesteld en verkocht. De kerk bleef behouden en kreeg een nieuwe toekomst als woonhuis. De klok uit 1866 werd door de bezetter geroofd. De huidige klok werd in 1947 gegoten door Van Bergen te Heiligerlee en luidt sinds 2023 weer op werkdagen om 12 uur en zaterdag's om 12 en 18 uur.