De Petrus Canisiuskerk bestaat uit een laat negentiende eeuws priesterkoor met transept (oudbouw) en een vroeg naoorlogs schip met voorbouw (nieuwbouw). De oudbouw is van het type basilicale kruiskerk met een indeling in traveeën, een in de hoogte rijzende opbouw en een sterke hiërarchische geleding van de hoofdmassa. De nieuwbouw is van het type zaalkerk met een vrijwel ongedeelde ruimte en een monumentaal uitgewerkt front. Anders dan in de vooroorlogse situatie is de nieuwe voorgevel van de ingebouwde kerk niet in, maar enkele meters achter de rooilijn van de Molenstraat geplaatst. De aldus gevormde voorgalerij opent met een hoge colonnade op de straat. Tussen de zeven gestileerde zuilen is een bronzen Christusmonogram van kunstenaar J. Vaes opgehangen. De leistenen vloer van de galerij is verfraaid met enkele mozaïektableaus van marmerscherven in verschillende kleuren (Sj. Siebers). Links en rechts in de galerij zijn respectievelijk een Mariakapel en de doopkapel gebouwd. De gevels zijn uitgevoerd in ruw bewerkte Kunradersteen. De doopkapel is geperforeerd met kleine glas-in-betonramen. De gesloten gevels van de Mariakapel zijn voorzien van reliëfbeelden en emblemen ontleend aan haar litanie (J. Vaes). De rechthoekige lantaarn van de Mariakapel steekt door het dak van de galerij heen en vormt een bescheiden opmaat tot de hoge klokkentoren die er achter staat. De toren heeft een gesloten schacht van metselwerk met uurwerken, en een open lantaarn van beton met waterspuwers op de hoeken. In de lantaarn staan de luidklokken opgesteld. De toren wordt bekroond door een hoog kruis met windhaan. De overdekte galerij vormt een ruimtelijk overgangselement tussen de drukte van de stad en de contemplatieve rust in de kerk en de kapel. Een dubbele glasdeur met zijlichten verschaft toegang tot de Mariakapel. In deze eenbeukige ruimte met absis bevinden zich een stenen beeld van Petrus Canisius en middeleeuws houten beeldje van Maria met Kind temidden van een decoratief uitgevoerd metalen drieluik. Het moderne drieluik is van kunstenaar P. Grégoire. Vanuit de galerij openen drie vleugeldeuren met bronzen beslag en kalkstenen omlijstingen op een groot vierkant schip. De deurlijsten zijn voorzien van gebeeldhouwde medaillons met van links naar rechts voorstellingen van de visvangst van Petrus, de goede herder met schapen en de Ark van Noach (J. Vaes). Achter in de kerk bevindt zich het zangkoor dat rust op vier paddestoelkolommen. Het orgel is afkomstig uit de voormalige Christus Koningkerk in Hengstdal. De ruimte onder het zangkoor is over de volle breedte van de kerk dichtgezet met niet oorspronkelijke glaspuien. In het vrijwel ongedeelde schip staan banken in vier vakken rechtlijnig opgesteld tegenover het verhoogde koor en de zijkapellen. De bakstenen wanden zijn wit gekeimd. De glas-in-betonramen zijn ontworpen door W. van Woerkom en stellen de vier evangelisten voor. Eveneens van zijn hand zijn de kruiswegstaties. Het dak van het schip wordt gedragen door een betonconstructie die de opmerkelijke vorm heeft van een kopbalkgebint met overstek. Het schip ontvangt licht via ramen met helder glas in de buitenste plooien van het gevouwen schaaldak. De vouwen hebben een plastische werking die refereert aan de gewelven in de aangrenzende oudbouw. Daar bepalen bundelpijlers, spitsbogen, graatgewelven (ster- en kruisgewelven), wit gestucte wanden en spitsboogvensters het interieurbeeld.